Sisu

• Peamine erinevus
• Lõuna-blottimine vs. Western blotting
• Võrdlusdiagramm
• Mis on Lõuna-blottimine?
• Mis on Western blotting?
• Peamised erinevused
• Järeldus

Peamine erinevus

Lõunapoolse blotimise ja Western blotimise peamine erinevus on see, et Southern blotting on meetod, mida kasutatakse konkreetse proovi konkreetse DNA fragmendi tuvastamiseks, samas kui Western blotti kasutatakse konkreetse proovi konkreetse valgu väljaselgitamiseks.

Lõuna-blottimine vs. Western blotting

Blotimine on tehnika, mida teadlased kasutavad eri tüüpi molekulide segust või proovist eraldamiseks. Selle tehnika puhul liiguvad makromolekulid nagu nukleiinhapped (DNA ja RNA) ja segus olevad valgud läbi geeliplaadi. Siin liiguvad minutiosakesed kiiremini kui suuremad. Need molekulid surutakse vastu immobiliseeritud membraani pinda, mis kannab molekulid membraanile. Spetsiifilise materjali tuvastamise põhjal on erinevat tüüpi blotte, st lõunapoolne blot, põhjafotot ja lääne blotti. Lõunapoolne blottimine on sellist tüüpi blotimine, mida kasutatakse DNA tuvastamiseks, lääne blotteerimist kasutatakse valgu väljaselgitamiseks. Lõuna-blotimise töötas välja Edward M. Southern 1975. aastal. Niisiis, seda tuntakse kui Lõuna-blottimist. Teisest küljest töötas lääne blotti välja George Starki grupp Stanfordi ülikoolis 1979. aastal. Seda nime kasutati vasteks lõunapoolse blotimisega. Lõuna blotti kasutatakse konkreetse DNA järjestuse leidmiseks, Western blot analüüsi kasutatakse konkreetse aminohappe- või valgujärjestuse väljaselgitamiseks.

Võrdlusdiagramm

Lõuna-blottimine	Western blotting
Meetodit, mida kasutatakse antud segu konkreetse DNA järjestuse väljaselgitamiseks, nimetatakse Lõuna-blotimiseks.	Meetodit, mida kasutatakse valgu spetsiifiliste aminohapete järjestuse väljaselgitamiseks antud segus, nimetatakse Lõuna-blotimiseks.
Arendatud
Lõuna-blotimise töötas välja Edward M. Southern 1975. aastal.	Lääne blotti töötas välja George Starki grupp Stanfordi ülikoolis 1979. aastal.
Tuvastamise tüüp
Lõuna-blotti kasutatakse konkreetse DNA järjestuse väljaselgitamiseks.	Spetsiifilise aminohappe- või valgujärjestuse leidmiseks kasutatakse Western blot analüüsi.
Põhimõte
See töötab hübridiseerimise põhimõttel.	See töötab immuuntuvastusmeetodi või antigeeni ja antikeha interaktsiooni põhimõttel.
Sond
Sondina kasutatakse üheahelalist DNA-d või mõnikord RNA-d.	Sondina kasutatakse primaarseid ja sekundaarseid antikehi.
Geeli elektroforees
Agarose geeli elektroforeesi kasutatakse Southern blot-meetodil.	SDS PAGE / polüakrüülamiidi geel, mida kasutatakse valkude eraldamiseks lääne blottides
Blotimise protseduur
Lõunapoolne blotteerimine järgib kapillaariülekande protseduuri.	Western blotting järgib elektrilise ülekande protseduuri.
Proov
Lõuna-blotimise ajal tuleb proov denatureerida.	Lääne blottide ajal peaks proov olema oma olekus.
Blokeerimine
Lõunapoolse blotimisega pole seotud ühtegi sellist toimingut nagu blokeerimine.	Western blot-i ajal blokeeritakse mittespetsiifilised antikehade saidid nitrotselluloosipaberil piimapulbri või veise seerumalbumiini (BSA) abil.
Märgistamismeetodid
Lõunapoolsetes blottides kasutatavateks tavalisteks märgistusmeetoditeks on kromogeensete värvainete kasutamine või radiomärgistamine või fluorestsentsmärgistamine jne.	Western blot-meetodil kasutatud märgistusmeetoditeks on fluorestsentsmärgisega antikehade kasutamine või radiomärgistamine, kromogeensed värvained või diaminobensidiini moodustamine jne.
Avastamismeetodid
Lõunapoolse blotimise korral kasutatakse tuvastusmeetodina valguse tuvastamist, autoradiograafi ja värvimuutusi.	Avastamismeetoditeks läänepoolsetes blotides on värvimuutused ja valguse tuvastamine jne.
Rakendus
Lõuna-blotti kasutatakse DNA tuvastamisel, isaduse testimisel, DNA sõrmede tuvastamisel, ohvri tuvastamisel, kurjategijate tuvastamisel, nakkusetekitajate leidmiseks ning mutatsioonide või geenide ümberpaigutamise tuvastamiseks jne.	Western blot meetodit kasutatakse segus sisalduvate valkude arvu leidmiseks, HIV, viiruse ja bakterite jms tuvastamiseks seerumis, defektsete valkude väljaselgitamiseks ning kasutatakse kindla meetmena herpese, B-hepatiidi, puukborrelioosi korral haigus ja Creutzfeldt-Jacobi tõbi jne.

Mis on Lõuna-blottimine?

Lõunapoolne blottimine on vanim blotimismeetod, mille andis Edwin Southern, seda nimetatakse lõunapoolseks blotimiseks. Seda kasutatakse konkreetse proovi või segu DNA spetsiifilise järjestuse väljaselgitamiseks. Lõunapoolse blotimise ajal on elektroforees, spetsiifiliste järjestuste ülekandmine ja tuvastamine. Esiteks, DNA fragmenteeritakse spetsiifilise restriktsiooniensüümi abil. Seejärel eraldatakse soovitud DNA fragmendid geelelektroforeesi teel. Need fragmendid denatureeritakse kahe DNA ahela eraldamiseks aluselise lahuse, näiteks NaOH jne abil. Need üheahelalised DNA fragmendid kanti seejärel blotimise teel membraanile. Seda membraaniga piiratud DNA-d töödeldakse seejärel märgistatud sondiga. See sond kinnitub oma komplementaarsele ahelale membraani DNA-l, mida saab visualiseerida autoradiogrammi abil jne.

Mis on Western blotting?

Western-blot-meetodi leiutas Stanfordi ülikooli George Starki rühm, mida kasutatakse valgu aminohapete konkreetse järjestuse tuvastamiseks. Seda tuntakse ka kui proteiiniblotti või immuunblotti. Western blotimise etapid on elektroforees, spetsiifiliste valkude ülekandmine ja tuvastamine. Kõigepealt homogeniseerige segu. Seejärel eraldage huvipakkuv molekul elektroforeesi abil. Viige need molekulid membraanile ja identifitseerige spetsiifiline valk spetsiifilise sondi abil.

Peamised erinevused

1. Meetodit, mida kasutatakse antud segu konkreetse DNA järjestuse väljaselgitamiseks, nimetatakse lõunapoolseks blotimiseks, samas kui tehnikat, mida kasutatakse antud segu valgu spetsiifiliste aminohappejärjestuste väljaselgitamiseks, nimetatakse lõunapoolse blotimise teel.
2. Lõunapoolse blotimise töötas välja Edward M. Southern 1975. aastal, seda nimetatakse Lõuna-blottimiseks. Teisest küljest töötas Western-blotti välja George Starki rühm Stanfordi ülikoolis 1979. aastal.
3. Lõuna-blotti kasutatakse konkreetse DNA järjestuse väljaselgitamiseks. Seevastu spetsiifilise aminohappe- või valgujärjestuse leidmiseks kasutatakse Western blot analüüsi.
4. Lõuna-blottimine toimib hübridisatsiooni põhimõttel; Western blot analüüs toimib immuuntuvastusmeetodi või antigeeni ja antikeha interaktsiooni põhimõttel.
5. Teise külje lõunapoolsetes blottides kasutatakse sondina üheahelalist DNA-d või mõnikord RNA-d, sondina kasutatakse primaarseid ja sekundaarseid antikehi Western-blottides.
6. Agarose geeli elektroforeesi kasutatakse lõunapoolsetes blottides, samal ajal kui SDS PAGE / polüakrüülamiidi geeli kasutatakse valkude eraldamiseks lääne blottides.
7. Lõunapoolne blotteerimine järgib kapillaariülekande protseduuri; Western Blotting järgib elektrilise ülekande protseduuri.
8. Lõunapoolse blotimise ajal tuleb proov denatureerida, lääne blotimise ajal peaks proov olema oma olekus.
9. Klapi lõunapoolse blotimisega ei kaasne ühtegi sellist toimingut nagu blokeerimine, lääne blottide ajal blokeeritakse mittespetsiifilised antikehade kohad nitrotselluloosipaberil piimapulbri või veise seerumi albumiini (BSA) abil.
10. Lõunapoolsetes blottides kasutatavateks tavalisteks märgistamismeetoditeks on kromogeensete värvainete kasutamine või radiomärgistamine või fluorestsentsmärgistamine jms. Lääne-blottide kasutamisel on fluorestsentsmärgistatud antikehade või radiomärgistamiste, kromogeensete värvainete või diaminobensidiini moodustumise märgistamise meetoditeks jne.
11. Lõunapoolse blotimise korral kasutatakse tuvastusmeetodina valguse tuvastamist, autoradiograafi ja värvimuutusi, lääne blottide avastamismeetoditeks aga värvimuutusi ja valguse tuvastamist jne.
12. Lõuna-blotti kasutatakse DNA tuvastamisel, isaduse testimisel, DNA sõrmede tuvastamisel, ohvrite tuvastamisel, kurjategijate tuvastamisel, nakkusetekitajate leidmisel ja mutatsioonide või geenide ümberpaigutamise tuvastamisel jne. Lääne-blotti kasutatakse vastupidiselt valgu arvu leidmiseks segu, et tuvastada seerumis HIV, viiruse ja bakterite jt esinemine, leida defektsed valgud ja kasutada kindla abinõuna herpese, B-hepatiidi, Lyme'i tõve ja Creutzfeldt-Jacobi tõve jt korral.

Järeldus

Ülaltoodud arutelu võtab kokku, et lõunapoolne blottimine on vanim proovide spetsiifilise DNA segmendi väljaselgitamiseks kasutatav blotimismeetod, samal ajal kui Western blot avastati viimane ja seda kasutati aminohapete konkreetse järjestuse või spetsiifilise valgu tuvastamiseks.